Хокинг был дважды женат. В 1965 году он женился на Джейн Уайлд, позднее у них родились дочь и два сына. Отношения Стивена с Джейн постепенно ухудшались, и в 1991 году они стали жить раздельно. После развода с Джейн в 1995 году Хокинг женился на своей сиделке, Элайн Мэйсон (на фото), с которой прожил 11 лет.